Equipamentos Multiusuário
   

  

A infraestrutura do GaTE Lab também conta com equipamentos multiusuários, disponíveis para utilização com agendamento prévio. Os equipamentos disponíveis no laboratório são:

     
   

 

REAL TIME

     

 

aq

 

 

QuantStudioTM 7 Flex

O sistema de PCR em tempo real QuantStudio™ 7 Flex da Applied Biosystems™ oferece a confiabilidade, a sensibilidade e a precisão do Sistema ViiA™ 7. Otimizado para permitir a mais ampla gama de aplicações de PCR quantitativa, com opções adicionais de corantes, formatos e automação.

Disponibilidade de Agendamento:

 
   Segunda-feira Terça-Feira Quarta-feira Quinta-feira Sexta-feira 
08:00 - 10:00h          
10:00 - 12:00h          
12:00 - 13:00h Almoço
13:00 - 15:00h          
15:00 - 17:00h           

legenda1 Horários Disponíveis                       legenda2 Horários Indisponíveis

 

 

   

 

  

 

MICROSCOPIA DE FLUORESCÊNCIA

     

 aq

 

 

Microscópio

.

Disponibilidade de Agendamento:

 
   Segunda-feira Terça-Feira Quarta-feira Quinta-feira Sexta-feira 
08:00 - 10:00h          
10:00 - 12:00h          
12:00 - 13:00h Almoço
13:00 - 15:00h          
15:00 - 17:00h           

legenda1 Horários Disponíveis                       legenda2 Horários Indisponíveis 

     

O agendamento para utilização dos equipamentos acima descritos deverá ser realizado exclusivamente através do email: Multiusuário GaTE.

 

 

 

Dissertações e Teses

 

  Dissertações

    1. Geovani Tolfo Ragagnin. Uso do Polimorfismo baseado na inserção de Retrotransposon (RBIP) mais o PCR quantitativo na verificação de associação entre genes de resistência e Elementos Transponíveis. 2015. Dissertação de Mestrado em Biotecnologia - Instituto de Biociências - USP.
    2. Mayra Akemi Kuroki. Desenvolvimento de Método de Identificação de Promotores de Cana-de-Açúcar: Análise comparativa de clonagem dirigida e clonagem aleatória. 2010. Dissertação de Mestrado em Biotecnologia - Instituto de Biociências - USP.
    3. Juliane Karine Ishida. Perfil transcricional do retrotransposon Retrolyc 1 em mutantes de tomate Micro-Tom e em suspensão celular de fumo. 2006. Dissertação de Mestrado em Botânica - Instituto de Biociências - USP.
    4. Bruno Karolski. Estudo da inativação por RNAi de retrotransposons da família Tnt1. 2005. Dissertação de Mestrado em Botânica - Instituto de Biociências- USP.
    5. Priscila Mayumi Kashiwabara. Interferência na expressão do gene thi1 de Arabidopsis thaliana e seus efeitos biológicos. 2003. Dissertação de Mestrado em Biotecnologia - Instituto de Biociências - USP.
    6. Danyella Doggini. Detecção in vivo da atividade promotora do elemento de transposição Ac em Arabidopsis thaliana através da utilização do gene reporter GFP. 2001. Dissertação de Mestrado em Biotecnologia - Instituto de Biociências - USP.
    7. Leonardo P. Farias. Caracterização genômica e investigação da região promotora do gene thi1 de Arabidopsis thaliana. 2001. Dissertação de Mestrado em Biotecnologia - Instituto de Biociências - USP.
    8. Patrícia Gleydes Morgante. Seleção genética negativa em raízes transformadas de tomate com o gene da timidina quinase viral Hsvtk.. 1997. Dissertação de Mestrado em Ciências Biológicas - Instituto de Biociências - USP.
    9. Regina Yuri Hashimoto. Seleção genética negativa em raízes transformadas de tomate (Lycopersicon esculentum) com o gene da enzima da citosina desaminase. 1996. Dissertação de Mestrado em Ciências Biológicas - Instituto de Biociências - USP.
    10. Katia C. Scortecci. Contribuição ao estudo da regulação da atividade do elemento de transposição Ac do milho em Arabidopsis thaliana (L.) Heynh (Cruciferae). 1993. Dissertação de Mestrado em Ciências Biológicas - Instituto de Biociências - USP.

 

  Teses

    1. Andreia Prata Vieira. Homólogos a At-thi1 em cana-de-açúcar: estudo molecular e funcional. 2012. Tese de Doutorado em Biologia Celular e Molecular de Plantas - Instituto de Biociências - USP.
    2. Paula Cristina Gasperazzo Turrini. Influência de elementos móveis em linhagens de Xanthomonas oryzae. 2013. Tese de Doutorado em Biotecnologia - Instituto de Biociências - USP.
    3. Edgar Andres Ochoa Cruz. Estudos de elementos de transposição em plantas: elementos tipo hAT em cana de açucar. 2012. Tese de Doutorado em Biotecnologia - Instituto de Biociências - USP.
    4. Gesiele Almeida Barros de Carvalho. Impacto dos elementos transponíveis nos genomas de estirpes brasileiras de Bradyrhizobium. 2012. Tese de Doutorado em Bioinformática - Instituto de Biociências - USP.
    5. Fabrício Martins Lopes. Redes complexas de expressão gênica: síntese, identificação, análise e aplicações.. 2011. Tese de Doutorado em Bioinformática - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação.
    6. Danielle Maluf Quintanilha. Discriminação de fenótipos Tnt1-U3 específicos em linhagens de Nicotiana RNAi. 2010. Tese de Doutorado em Internacional Biologia Vegetal - Instituto de Biociências - USP.
    7. Guilherme Marcelo Queiroga Cruz. Retrotransposons das famílias Opie, Hopscotch e Maggy: desvendando as interações com o genoma da cana-de-açúcar. 2009. Tese de Doutorado em Biotecnologia - Instituto de Biociências - USP.
    8. Bruno Karolski. Análise do perfil genômico e de expressão gênica de microorganismos em diferentes áreas afetadas por BTEX na cidade de Cubatão, SP. 2009. Tese de Doutorado em Biotecnologia - Instituto de Biociências - USP.
    9. Jonas Weissmann Gaiarsa. Genômica comparativa de enzimas de degradação da parede celular vegetal em Xanthomonas, Xylella e Stenotrophomonas. 2008. Tese de Doutorado em Biotecnologia - Instituto de Biociências - USP.
    10. Érika Maria de Jesus. Caracterização da diversidade de famílias de elementos transponíveis expressos em cana-de-açúcar (Saccharum spp). 2007. Tese de Doutorado em Ciências Biológicas - Instituto de Biociências - USP.
    11. Maria Elisa Manetti. Diversidade de retrotransposons similares a Retrolyc1 em Solanum. 2007. Tese de Doutorado em Botânica - Instituto de Biociências - USP.
    12. Myna Nakabashi. Genes parálogos AtXPB1 e AtXPB2: estudo da duplicação e expressão em Arabidopsis thaliana. 2005. Tese de Doutorado em Ciências Biológicas - Instituto de Biociências - USP.
    13. Alessandro M. Varani. Análise comparativa de integrases de 4 linhagens de Xylella fastidiosa. 2004. Tese de Doutorado em Biotecnologia - Instituto de Biociências - USP.
    14. Regina Yuri Hashimoto Miura. Análise da expressão do retrotransposon Retrolyc1 em Lycopersicon esculentum e Lycopersicon peruvianum. 2004. Tese de Doutorado em Botânica - Instituto de Biociências - USP.
    15. Douglas Silva Domingues. Sure e Garapa: caracterização molecular e distribuição de dois retrotransposons com LTR em cana-de-açúcar. 2004. Tese de Doutorado em Biotecnologia - Instituto de Biociências - USP.
    16. Patricia G. Morgante. Organização genômica e estudos da função do gene araXPB em Arabidopsis thaliana. 2003. Tese de Doutorado em Ciências Biológicas - Instituto de Biociências - USP.
    17. Marisa Moura Momoli. Aspectos funcionais do gene thi1 em plantas selvagens e mutantes de Arabidopsis thaliana (Brassicaceae). 2003. Tese de Doutorado em Botânica - Instituto de Biociências - USP.
    18. Marcelo Zerillo. Estrutura do genoma de Leifsonia xyli pv cynodontis e impacto de elementos IS. 2002. Tese de Doutorado em Biotecnologia - Istituto de Biociências - USP.
    19. Flavia Stal Papini-Terzi. Estudos de complementação de mutantes de Arabidopsis thaliana com o gene thi1. 2001. Tese de Doutorado em Ciências Biológicas - Instituto de Biociências - USP.
    20. Paula Gonçalves de Araújo. Diversidade da Região U3 do retrotransposon Retrolyc1 em quatro espécies do gênero Lycopersicon spp.. 2000. Tese de Doutorado em Ciências Biológicas - Instituto de Biociências - USP.
    21. Flavia Hansen Pacheco. Caracterização de linhagens brasileiras de Agrobecterium tumefaciens. 1999. Tese de Doutorado em Energia Nuclear na Agricultura - Centro de Energia Nuclear na Agricultura, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.
    22. Ana Paula P. Costa. Caracterização de sequências homólogas ao retrotransposon Tnt1 em Lycopersicon peruvianum. 1999. Tese de Doutorado em Ciências Biológicas - Instituto de Biociências - USP.
    23. Katia Castanho Scortecci. Estudo da atividade do elemento transposição Ac do milho em sistemas heterólogos. 1997. Tese de Doutorado em Ciências Biológicas - Instituto de Biociências - USP.

 

 

 

Outras Publicações

 

   Livros

    • MENCK, Carlos Frederico Martins ; VAN SLUYS, Marie Anne . Genetica Molecular Basica. 1. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2017. v. 01. 500p.
    • CARARETO, C. M. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. ; VAN-SLUYS, M.-A. . Elementos de Transposição. 1. ed. Rio de Janeiro: Fiocruz, 2015. v. 1000. 196p.
    • LEACH, J. E. ; BARBOSA, Pedro ; SCHULTZ, Jack ; SLUYS MAV. ; DAVIS, Michael J ; STASKAWICZ, Brian ; MOFFIT, L Joe ; ROOT, Terry L ; POWER, Alison G ; et al . California Agricultural Research Priorities on Pierce's Disease. Washington, DC: The National Academies Press, 2004. v. 1. 161p.

 

   Capítulos de Livros

    • JESUS, Erika Maria de ; MALUF, D. Q. ; SETTA, N. ; Van Sluys, Marie Anne . 17 - Genoma Movel:Mecanismos de Transposição e Impacto Evolutivo. In: Menck e Van Sluys. (Org.). Genetica Molecular Basica. 1ed.Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2017, v. 1, p. 335-354.
    • BASSALO, M. ; TEIXEIRA, G. S. ; PEREIRA, G. A. G. ; VIEIRA, ANDREIA PRATA ; Van Sluys, Marie Anne ; BARAU, J. ; TAVARES, K. C. S. ; BORSOI, J. ; PEREIRA, L. V. . Metodos para uso de CRISPR. In: Tiago Campos Pereira. (Org.). Introdução a Técnica de CRISPR. 1ed.Ribeirao Preto: SBG, 2016, v. 1, p. 151-192.
    • SETTA, Nathalia ; METCALFE, CUSHLA J. ; Cruz, Guilherme M. Q. ; Ochoa, Edgar A. ; Sluys, Marie-Anne . Noise or Symphony: Comparative Evolutionary Analysis of Sugarcane Transposable Elements with Other Grasses. Topics in Current Genetics. 1ed.: Springer Berlin Heidelberg, 2012, v. , p. 169-192.

 

 Lista Completa de Outras Publicações: clique aqui

 

 

 

Artigos

 

   2017

    • NAGEL, RAIMUND et al. An operon for production of bioactive gibberellin A4 phytohormone with wide distribution in the bacterial rice leaf streak pathogen Xanthomonas oryzae pv. oryzicola. NEW PHYTOLOGIST, v. 214, p. 1-7, 2017.
    • BARROS-CARVALHO, GESIELE ALMEIDA et al. An Efficient Approach to Explore and Discriminate Anomalous Regions in Bacterial Genomes Based on Maximum Entropy. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, v. xxx, p. xxx-xxx, 2017.
    • MILLER, ROBERT NEIL GERARD et al. Plant immunity: unravelling the complexity of plant responses to biotic stresses. ANNALS OF BOTANY, v. 119, p. 681-687, 2017.
    • VILELA, MARIANE DE MENDONÇA et al. Analysis of three sugarcane homo/homeologous regions suggests independent polyploidization events of Saccharum officinarum and Saccharum spontaneum. Genome Biology and Evolution, v. 9, p. evw293-278, 2017.

   2016

    • OCHOA CRUZ, EDGAR ANDRES et al. Virus-like attachment sites as structural landmarks of plants retrotransposons. Mobile DNA, v. 7, p. 14, 2016.
    • MEDEIROS, AMANDA L. et al. Molecular Genetic Dissection of Sugarcane Flowering under Equatorial Field Conditions. Tropical Plant Biology, v. 9, p. 252-266, 2016.
    • MIES, MIGUEL et al. Molecular evidence of symbiotic activity between Symbiodinium and Tridacna maxima larvae. Symbiosis, v. 70, p. 1-10, 2016.
    • SCHAKER, PATRICIA D. C. et al. RNAseq Transcriptional Profiling following Whip Development in Sugarcane Smut Disease. Plos One, v. 11, p. e0162237, 2016.

   2015

    • SOUZA, GLAUCIA MENDES VICTORIA et al. ; SCOPE Bioenergy and Sustainability Technical Summary. Bioenergy and Sustainability bridging the gaps, v. 72, p. 1-779, 2015.
    • METCALFE, CUSHLA J. et al. Using quantitative PCR with retrotransposon-based insertion polymorphisms as markers in sugarcane. Journal of Experimental Botany, v. 66, p. 4239-4250, 2015.

   2014

    • CRUZ, GUILHERME M. Q. et al. Virus-Like Attachment Sites and Plastic CpG Islands: Landmarks of Diversity in Plant Del Retrotransposons. Plos One, v. 9, p. e97099, 2014.
    • DE SETTA, NATHALIA et al. Building the sugarcane genome for biotechnology and identifying evolutionary trends. BMC Genomics, v. 15, p. 540, 2014.

   2013

    • VARANI, A. M. et al. The Role of Prophage in Plant Pathogenic Bacteria. Annual Review of Phytopathology (Print), v. 51, p. 429, 2013.
    • DARRASSE, ARMELLE CARRÈRE et al. Genome sequence of Xanthomonas fuscans subsp. fuscans strain 4834-R reveals that flagellar motility is not a general feature of xanthomonads. BMC Genomics, v. 14, p. 761, 2013.
    • MONTEIRO-VITORELLO, C.B. et al. Complete Genome Sequence of Leifsonia xyli subsp. cynodontis Strain DSM46306, a Gram-Positive Bacterial Pathogen of Grasses. Genome Announcements, v. 1, p. e00915-13-e00915-13, 2013.
    • GARCIA, ANTONIO A. F. et al. SNP genotyping allows an in-depth characterisation of the genome of sugarcane and other complex autopolyploids. Scientific Reports, v. 3, p. 3399, 2013.

 

 Lista Completa de Artigos Publicados: clique aqui

 

 

 

 

Membros Egressos

 

- Pós-Doutorandos

 

icon Lattest   Cushla Jane Metcalfe

icon Lattest   Renata Souza de Oliveira

icon Lattest   Edgar Andres Ochoa Cruz

icon Lattest   Fabiana Firetti-Leggieri

icon Lattest   Sarah Gomes de Oliveira

icon Lattest   Nathalia de Setta Costa

icon Lattest   Érika Maria de Jesus

icon Lattest   Robson Francisco de Souza

icon Lattest   Hana Paula Masuda

icon Lattest   Maria Magdalena Rossi

icon Lattest   Denise Teixeira Ribeiro

icon Lattest   Paula Gonçalves de Araújo

icon Lattest   Ana Paula Pimentel Costa

 
 

 

- Alunos de Doutorado

 

icon Lattest   Andréia Prata Viera

icon Lattest   Jonas Weissmann Gaiarsa

icon Lattest   Gesiele Almeida Barros de Carvalho

icon Lattest   Fabrício Martins Lopes

icon Lattest   Danielle Maluf Quintanilha

icon Lattest   Bruno Karolski

icon Lattest   Guilherme Marcello Queiroga Cruz

icon Lattest   Maria Elisa Manetti

icon Lattest   Myna Nakabashi

icon Lattest   Alessandro de Mello Varani

icon Lattest   Douglas Silva Domingues

icon Lattest   Regina Yuri Hashimoto Miura

icon Lattest   Marisa Moura Momoli

icon Lattest   Patricia Gleydes Morgante

icon Lattest   Marcelo Marques Zerillo

icon Lattest   Flavia Stal Papini-Terzi

icon Lattest   Flavia Teresa Hansen Pacheco

icon Lattest   Katia Castanho Scortecci

 
 

 

- Alunos de Mestrado

 

icon Lattest   Geovani Tolfo Ragagnin

icon Lattest   Mayra Akemi Kuroki

icon Lattest   Priscila Mayumi Kashiwabara

icon Lattest   Danyella Barbosa Dogini

icon Lattest   Leonardo Paiva Farias

 
 

 

- Alunos de Iniciação Cinetífica

 

icon Lattest   Gabrielle de Oliveira S. V. Navarro

icon Lattest   Ana Paula Muche Schiavo

icon Lattest   Sirlene da Silva Rodrigues

icon Lattest   Monique Gonçalves

icon Lattest   Edgar Takashi Maki

icon Lattest   Daniela Kajihara

icon Lattest   Nilo Saccaro Junior

icon Lattest   Gabriela de Azevedo Couto

 
 

 

- Alunos de Outra Natureza

 

icon Lattest   Veronica Meyer Gaiarsa

icon Lattest   Rosario Alejandra Medina Rodríguez

icon Lattest   Theodore Milton Fagin

icon Lattest   Kleber Alves Gomes

icon Lattest   Caroline Roullier